Η θεραπεία που ακολουθεί μετά τη διάγνωση της τροφικής αλλεργίας ή δυσανεξίας περιλαμβάνει κατά βάση την απαγόρευση της κατανάλωσης συγκεκριμένης ουσίας ή τροφής.
Ο σχεδιασμός του διατροφικού προγράμματος έχει στόχο να καλύψει όλες τις θρεπτικές ανάγκες του οργανισμού και να μην παρουσιαστεί κάποια έλλειψη βιταμινών, μετάλλων και ιχνοστοιχείων λόγω αποφυγής των αλλεργιογόνων τροφίμων